数字出版与传媒研究院拟设立以下科室：院长室、理论研究所、产业研究所、文化研究所、传媒研究所、人才研究所、国际研究所、学术研究部、教育培训部、交流合作部、信息中心、综合办公室。其中理论研究所、文化研究所、人才研究所、综合办公室、国际研究所人员已到位。